MÃ VẠCH DNA CỦA CÁC LOÀI TẮC KÈ GEKKO (SQUAMATA: GEKKONIDAE) PHÍA NAM VIỆT NAM

Nguyễn Đăng Hoàng Vũ, Nguyễn Thành Luân, Ngô Thị Hạnh, Nguyễn Ngọc Sang

Tóm tắt


Mã vạch DNA là một công cụ định danh nhanh các loài dựa vào một đoạn trình tự DNA ngắn, dễ khuếch đại và có thông tin di truyền. Ở phía Nam Việt Nam, có tám loài tắc kè Gekko (Squamata: Gekkonidae) phân bố. Hầu hết các loài này có hình thái tương tự nhau và đang bị khai thác để làm thực phẩm, thuốc và buôn bán động vật cảnh. Nghiên cứu này thu thập tất cả tám loài tắc kè kể trên để xây dựng bộ mã vạch DNA chuẩn phục vụ công tác phân loại hoặc truy xuất nhanh nguồn gốc các cá thể buôn bán. Kết quả thu được bộ mã vạch DNA gồm 11 trình tự từ vùng gene COI (681 bp) đầu tiên của tất cả tám loài tắc kè Gekko ở phía Nam Việt Nam với số hiệu GenBank MN062174-84. Có sáu loài được thu tại địa điểm mô tả gốc. Khác biệt di truyền trung bình giữa các loài 20,3%, dao động từ 17,6% đến 25,3%. Cây phát sinh chủng loại phân tách riêng từng loài nhưng quan hệ tiến hóa giữa chúng không rõ ràng.

Từ khóa


mã vạch DNA; tắc kè Gekko; phía Nam Việt Nam

Toàn văn:

PDF

Trích dẫn


Bain, R. H. (2010). Gekko grossmanni. The IUCN Red List of Threatened Species. e.T178613A7581244.

Che, J., Chen, H., Yang, J., Jin, J., Jiang, K., Yuan, Z., Murphy, R. W., & Zhang, Y. (2012). Universal COI primers for DNA barcoding amphibians. Molecular Ecology Resources, 12, 247-258. https://doi.org/10.1111/j.1755099-8.2011.03090.x

Felsenstein, J. (2004). Inferring phylogenies. Sinauer Associates.

Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., Lutz, R., & Vrijenhoek, R. (1994). DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Molecular Marine Biology and Biotechnology, 3, 294-299.

Fritz, U. (2002). Herpetology and herpetological type specimens at the Museum für Tierkunde Dresden with the bibliography of herpetological contributions by Fritz Jürgen Obst (Amphibian, Reptilia). Faunistische Abhandlungen, 23, 3-34.

Günther, R. (1994). A new species of the genus Gekko (Reptilia, Squamata, Gekkonidae) from southern Vietnam. Zoologischer Anzeiger, 233, 57-67.

Hajibabaei, M., Janzen, D. H., Burns, J. M., Hallwachs, W., & Hebert, P. D. N. (2006). DNA barcodes distinguish species of tropical Lepidoptera. Proceedings of the National Academy of Sciences, 103, 968-971. http://doi.org/10.1073/pnas.0510466103

Hillis, D. M., & Bull, J. J. (1993). An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis. Systems Biology, 42, 182-192.

Hebert, P. D. N., Cywinska, A., Ball, S. L., & deWaard, J. R. (2003a). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings Biological Sciences, 270, 313-321. http://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218

Hebert, P. D. N., deWaard, J. R., & Landry, J. F. (2009). DNA barcodes for 1/1000 of the animal kingdom. Biology Letters, 6, 359-362. https://doi.org/10.10-98/rsbl.2009.0848

Hebert, P. D. N., Ratnasingham, S., & deWaard, J. R. (2003b). Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society London B, Supplement 1, 270, S96-S99. https://doi.org/10.10-98/rsbl.2003.0025

Hebert, P. D. N., Stoeckle, M. Y., Zemlak, T. S., & Francis, C. M. (2004). Identification of birds through DNA barcodes. PLoSBiology, 2(10), e312. https://doi.org/-10.1371/journal.pbio.0020312

Ivanova, N. V., Zemlak, T. S., Hanner, R. H., & Hebert, P. D. N. (2007). Universal primer cocktails for fish DNA barcoding. Molecular Ecology Notes, 7, 544-548. http://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2007.01748.x

Kress, W. J., & Erickson, D. L. (2012). DNA Barcodes: Methods and Protocols. in W. J. Kress & D. L. Erickson (Eds.). DNA Barcodes-Methods and Protocols (pp. 3-8). Human Press.

Kress, W. J., Wurdack, K. J., Zimmer, E. A., Weigt, L. A., & Janzen, D. (2005). Use of DNA barcodes to identify flowering plants. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102, 8369-8374. http://doi.org/10.1073pnas.0503-123102

Kumar, S., Stecher, G., Christina, K., & Kamura, K. (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Molecular Biology and Evolution, 35,1547-1549. https://doi.org/0.1093/molbev/msy096

Luu, V. Q., Calame, T., Nguyen, T. Q., Le, M. D., & Ziegler, T. (2015). Morphological and molecular review of the Gekko diversity of Laos with descriptions of three new species. Zootaxa, 3986, 279-306. http://dx.doi.org/10.11646/zootaxa.3986.3.2

Marshall, E. (2005). Will DNA bar codes breathe life into classification?. Science, 307, 1037. http://doi.org/10.1126/science.307.5712.1037

Nagy, Z. T., Sonet, G., Glaw, F., & Vences, M. (2012). First large-scale DNA barcoding assessment of reptiles in the biodiversity hotspot of Madagascar, based on newly designed COI primers. PLoSONE, 7(3), e34506. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0034506

Ngo, T. V., Bauer, A. M., Wood, P. L. J., & Grismer, J. L. (2009). A new species of Gekko Laurenti, 1768 (Squamata: Gekkonidae) from Dong Nai Province, Southeastern Vietnam. Zootaxa, 2238, 33-42.

Ngo, T. V., & Gamble, T. (2010). A new species of Gekko (Squamata: Gekkonidae) from Ta Kou Nature Reserve, Binh Thuan Province, southern Vietnam. Zootaxa, 2346, 17-28.

Ngo, T. V., & Gamble, T. (2011). Gekko canaensis sp. nov. (Squamata: Gekkonidae), a new gecko from southern Vietnam. Zootaxa, 2890, 53-64.

Nguyen, N. S. (2010). A new poreless species of Gekko Laurenti, 1768 (Gekkonidae: Squamata) from An Giang Province, southern Vietnam. Zootaxa, 2501, 54-60.

Nguyen, S. N., Golynsky, E., Milto, K., & Nguyen, T. Q. (2018b). Gekko badenii. The IUCN Red List of Threatened Species 2018, e.T178554A112309489. http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.20182.RLTS.T178554A112309489.en

Nguyen, S. N., & Hoang, D. D. (2005). Dan lieu sinh hoc tac ke hoa can Gekko ulikovskii tai nui Ba Den, Tay Ninh [Biological data of Golden Gecko Gekko ulikovskii at mount Ba Den, Tay Ninh Province]. The basic research problems in life science, 718-721.

Nguyen, S. N., Jin, J., Vo, B. D., Nguyen, L. T., Zhou, W., Che, J., Murphy, R. W., & Zhang, Y. (2019). A new species of Acanthosaura Gray 1831 (Reptilia: Agamidae) from central Vietnam. Zootaxa, 4612, 555-565. https://doi.o-rg/10.11646/zootaxa.4612.4.7

Nguyen, S. N., Milto, K., & Golynsky, E. (2018c). Gekko grossmanni. The IUCN Red List of Threatened Species 2018, e.T178613A112331071. http://dx.doi.org/10.2305/IU-CN.UK.20182.RLTS.T178613A112331071.en

Nguyen, S. N., Nguyen, T. L., Nguyen, V. D. H., Orlov, N. L., & Murphy, R. W. (2018a). A new skink of the genus Sphenomorphus Fitzinger, 1843 (Squamata: Scincidae) from Hon Ba Nature Reserve, southern Vietnam. Zootaxa, 4438, 313-326. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4438.2.6

Nguyen, S. V., Ho, C. T., & Nguyen, T. Q. (2009). Herpetofauna of Vietnam. Andreas S. Brahm.

Nguyen, T. Q., Schmitz, A., & Böhme, W. (2010). Gekko ulikovskii Darevsky and Orlov, 1994: a junior synonym of Gekko badenii Szczerbak and Nekrasova, 1994. Bonn Zoological Bulletin, 57, 15-17.

Nylander, J. A. A. (2004). MrModeltest v2. Program distributed by the author. Uppsala University, Evolutionary Biology Centre.

Phung, T. M., & Ziegler, T. (2011). Another new Gekko species (Squamata: Gekkonidae) from Southern Vietnam. Zootaxa, 3129, 51-61.

Ronquist, R. R., & Huelsenbeck, J. P. (2003). MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics, 19, 1572-1574. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180

Rosler, H., Bauer, A. M., Heinicke, M. P., Greenbaum, E., Jackman, T., Nguyen, T. Q., & Ziegler, T. (2011). Phylogeny, taxonomy, and zoogeography of the genus Gekko Laurenti, 1768 with the revalidation of G. reevesii Gray, 1831 (Sauria: Gekkonidae). Zootaxa, 2989, 1-50. http://dx.doi.org/10.11646/zootaxa.2989.1.1

Stamatakis, A. S., Hoover, P., & Rougemont, J. (2008). A rapid bootstrap algorithm for the RAxML web servers. Systems Biology, 57, 758-771. https://doi.org/10.1080/10635150802429642

Thompson, J. D., Higgins, D., & Gibson, T. J (1994). CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22, 4670-4680.

Trinh, T. M. D., Hoang, M. D, Luu, H. T., & Vu, N. L. (2013). Dong vat thuong bi khai thac tai Khu Bao ton Thien nhien Takou [Animals commonly exploited by local communities in Takou Nature Reserve]. The 4thScientific report on ecology and biological resource, 508-514.

Uetz, P., Freed, P., & Jirí, H. (2019). The Reptile Database. Retrieved May 13, 2019 from http://www.reptile-database.org

Wood, P. L., Guo, X., Travers, S. L., Su, Y., Olson, K. V., Bauer, A. M., Grismer, L. L., Siler, C. D., Moyle, R. G., Andersen, M. J., & Brown, R. M. (2020). Parachute geckos free fall into synonymy: Gekko phylogeny, and a new subgeneric classification, inferred from thousands of ultraconserved elements. Molecular Phylogenetics and Evolution, 146, 106731. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2020.106731

Ziegler, T., Rauhaus, A., Nguyen, T. Q., & Nguyen, K. V. (2015). Südlichster Nachweis von Gekko badenii Szczerbak & Nekrasova, 1994, mit Bemerkungen zur Herpetofauna der Hon-Me-Auffangstation in der Provinz Kien Giang, Südvietnam [Southernmost record of Gekko badenii Szczerbak & Nekrasova, 1994, with remarks on the herpetofauna of the Hon Me Rescue Station in Kien Giang Province, Southern Vietnam]. Sauria, 37, 3-14.


Tình trạng

  • Danh sách trống