HIỆU CHỈNH CÁC THÀNH PHẦN CHO PHẢN ỨNG PCR CỦA CÁC MICROSATELLITE VÀ NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁC QUẦN THỂ CÁ TRA (Pangasianodon hypophthalmus)

Trần Thị Phương Dung, Bùi Thị Liên Hà, Nguyễn Hoàng Thông, Nguyễn Ngọc Thùy Trang, Trần Hoàng Gia Linh, Nguyễn Văn Sáng

Tóm tắt


 

 

Trong nghiên cứu này, các chỉ thị microsatellite khảo sát đặc hiệu cho bộ gen cho cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus) kế thừa từ các nghiên cứu trước đã được chọn lọc được để tối ưu nhằm có thể tạo tổ hợp microsatellite có cùng điều kiện PCR tương đồng dùng trong quy trình phản ứng multiplex PCR (một nhóm các microsatellite trong cùng một phản ứng PCR) phục vụ phân tích đa dạng di truyền các quần thể cá Tra tại Việt Nam. Các chỉ thị sử dụng trong nghiên cứu là bộ 7 chỉ thị microsatellite đơn (Ph07, Ph09, Ph41, CB12, CB15, CB18 và PSPG579) được tối ứu phản ứng PCR thành công và thử nghiệm đánh giá đa dạng một số quần thể cá Tra nhằm kiểm tra hiệu quả ứng dụng trong nghiên cứu tiếp theo. Phương pháp được sử dụng trong nghiên cứu này là phản ứng PCR đơn khảo sát và tối ưu riêng cho từng chỉ thị microsatellite khi điện di agarose 4% cho việc phân tích đa hình. Kết quả cho thấy tất cả chỉ thị đã được tối ưu thành công cho các phản ứng PCR trên cá Tra và các chỉ thị có sự đa hình cao với trung bình số đoạn khuếch đại 7,11, Na=6,19, He=0,78, PIC=0,77 trên mỗi chỉ thị trong 3 nhóm mẫu. Nghiên cứu làm nền tảng cơ sở cho các bước khảo sát tiếp theo (Multiplex PCR) và có ý nghĩa khoa học trong trong việc hỗ trợ các nghiên cứu đa dạng di truyền khác trên cá Tra.

 


Từ khóa


microsatellite; phản ứng PCR; đa dạng di truyền

Toàn văn:

PDF

Trích dẫn


Berthouly, C., Bed'Hom, B., Tixier-Boichard, M., Chen, C. F., Lee, Y. P., Laloë, D., Legros, H., Verrier, E., & Rognon, X. (2008). Using molecular markers and multivariate methods to study the genetic diversity of local European and Asian chicken breeds. Animal genetics, 39(2), 121-129. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2008.01703.x

Barker, J. S., Moore, S. S., Hetzel, D. J., Evans, D., Tan, S. G., & Byrne, K. (1997). Genetic diversity of Asian water buffalo (Bubalus bubalis): microsatellite variation and a comparison with protein-coding loci. Animal genetics, 28(2), 103-115. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.1997.00085.x

Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., & Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American journal of human genetics, 32(3), 314-331.

Buchanan, F. C., Galloway, S. M., & Crawford, A. M. (1994). Ovine microsatellites at the OarFCB5, OarFCB19, OarFCB20, OarFCB48, OarFCB129 and OarFCB226 loci. Animal genetics, 25(1), 60.

Bui, T. L. H., Le, N. T. T., & Nguyen, V. S, (2017). Thu nghiem xac dinh pha he bang chi thi phan tu Microsatellite tren quan the chon giong ca Tra (Pangasianodon hypophthalmus) [Parentage assignment of selective population of striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) using microsatellite. Journal of Agriculture and Rural development, I, 8-97.

Brookes, C., Bright, J. A., Harbison, S., & Buckleton, J. (2012). Characterising stutter in forensic STR multiplexes. Forensic science international. Genetics, 6(1), 58-63. https://doi.org/10.1016/j.fsigen.2011.02.001

Cruz, P., Ibarra, A. M., Mejia-Ruiz, H., Gaffney, P. M., & Pérez-Enríquez, R. (2004). Genetic variability assessed by microsatellites in a breeding program of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). Marine biotechnology (New York, N.Y.), 6(2), 157-164. https://doi.org/10.1007/s10126-003-0017-5

McDaniel, J., & Pillai, S. D. (2002). Gel alignment and band scoring for DNA fingerprinting using Adobe Photoshop. BioTechniques, 32(1), 120-123. https://doi.org/10.2144/02321bc03

Harr, B., Zangerl, B., & Schlötterer, C. (2000). Removal of microsatellite interruptions by DNA replication slippage: phylogenetic evidence from Drosophila. Molecular biology and evolution, 17(7), 1001-1009. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026381

Hogan, Z. S., & May, B. P. (2002). Twenty‐seven new microsatellites for the migratory Asian catfish family Pangasiidae. Molecular Ecology, 2, 38-41. doi:10.1046/j.1471-8286.2002.00139.x

Hosseinzadeh-Colagar, A., Haghighatnia, M. J., Amiri, Z., Mohadjerani, M., & Tafrihi, M. (2016). Microsatellite (SSR) amplification by PCR usually led to polymorphic bands: Evidence which shows replication slippage occurs in extend or nascent DNA strands. Molecular biology research communications, 5(3), 167-174.

Kimura M., & Crow J. F., (1964). The number of alleles that can be maintained in a finite population. Genetic, 49(4), 725-738.

Miah, G., Rafii, M. Y., Ismail, M. R., Puteh, A. B., Rahim, H. A., Islam, K., & Latif, M. A. (2013). A review of microsatellite markers and their applications in rice breeding programs to improve blast disease resistance. International journal of molecular sciences, 14(11),

-22528. https://doi.org/10.3390/ijms141122499

Miller, S. A., Dykes, D. D., & Polesky, H. F. (1988). A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic acids research, 16(3), 1215. https://doi.org/10.1093/nar/16.3.1215

Na-Nakorn, U., Sriphairoj, K., Sukmanomon, S., Poompuang, S., Kamonrat, W., (2006). Polymorphic microsatellite from DNA of the endangered Mekong giant catfish, Pangasianodon gigas (Chevey) and cross-species amplification in three species of Pangasius. Molecular Ecology, 6, 1174-1176.

Nei, M. (1972). Genetic Distance between Populations. The American Naturalist, 106(949), 283-292. Retrieved September 26, 2020, from http://www.jstor.org/stable/2459777

Nguyen, T. D. T., & Geldermann H., (2004). Da dang di truyen mot so giong lon noi Viet Nam va Chau Au dua tren chi thi microsatellite [Genetic diversity of Vietnamese and European pig breeds based on microsatellite markers]. VNU Journal of Science, Natural Science and Technology, 20(4), 1-10.

Nguyen, H. N., & Luu, T. H. G., (2012). Nghien cuu xac dinh da dang di truyen va huyet thong ca Tra (Pagasius hypophthalmus) bang chi thi microsatellite [Assessment of genetic diversity and parental assignment of striped catfish (Pagasius hypophthalmus) using microsatellite markers], Scientific report, Research Institute of Aquaculture No 1.

Nguyen, N. T., Nguyen, T. K. N., Hoang, T. T., Vo, P. K. B. N., Phan, H. H. T., Nguyen, T. L. A. & Pham, C. T., (2019). Da dang di truyen mot so quan the trau noi Viet Nam [Genetic diversity of Vietnamese native buffaloes]. Journal of Animal Science and Technology, 242.

Nguyen, T. P., & Nguyen, A. T., (2018). 50 nam nuoi ca Tra o dong bang song Cuu Long thanh cong va thach thuc trong phat trien ben vung [The success of 50-year striped catfish farming in the Mekong Delta and challeges on sustainable development]. Agricultural Pulishing House.

Pham, A. T., & Nguyen, H. N., (2003). Nghien cuu bien di RFLPs mot so quan the ca Tra (Pangasius hypophthalmus) [Diversity of Tra catfish populations studied by RFLPs]. National Conference on Biotechnology, Hanoi. 724-726.

So, N., & Vockaert, A. M., (2006), Genetic diversity and population history of the migratory catfishes Pangasianodon hypophthalmus and Pangasius bocourti in the Cambodian Mekong River. Fisheries science, 72, 469-476.

Tran, N. H., & Phung, T. T., (2013). Danh gia da dang di truyen loai du sam da voi Keteleeria davidiana (Bertrand) Beissn bang ki thuat RAPD [Assessment of genetic diversity of Keteleeria davidiana (Bertrand) Beissn using RAPD technique]. Journal of Forest Science and Technology, (1), 22-27.

Tran, T. T. H, Nguyen, T. H, Ngo, P. T., & Tran, N. A. H. (2017). Muc do da dang di truyen cua mot so quan the ca Tra su dung chi thi phan tu cytochrome b [Genetic diversity of Tra catfish populations in Vietnam using cytochrome b gene]. Journal of Science, Vinh University, 46(4A), 21-31

Volckaert, F. A. M., Hellemans, B., & Pouyaud, L., (1999). Nine polymorphic microsatellite markers in the SE Asian catfishes Pangasius hypophthalmus and Clarias batrachus. Animal Genetics, 30, 383-384.

Yeh, F.C., Yang, R. C., Boyle, T. B. J., Ye, Z. H., & Mao, J. X. (1997). POPGENE, the User Friendly Shareware for Population Genetic Analysis. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Alberta. http://www.ualberta.ca/~fyeh

Yue, G. H., & Xia, J. H., (2014). Practical Considerations of Molecular Parentage Analysis in Fish. Journal of The World Aquaculture Society, 45(2), 89-103.


Tình trạng

  • Danh sách trống